Há duas fontes sobre o achado da imagem, que se encontram no Arquivo da Cúria Metropolitana de Aparecida (anterior a 1743) e no Arquivo Romano da Companhia de Jesus, em Roma. A história foi primeiramente registrada pelo Padre José Alves Vilela em 1743 e pelo Padre João de Morais e Aguiar em 1757, registro que se encontra no Primeiro Livro de Tombo da Paróquia de Santo Antônio de Guaratinguetá.
A pescaria milagrosa
A sua história tem o seu início em meados de 1717, quando chegou a Guaratinguetá a notícia de que o conde de Assumar, D. Pedro de Almeida e Portugal, governador da então Capitania de São Paulo e Minas de Ouro, iria passar pela povoação a caminho de Vila Rica (atual cidade de Ouro Preto), em Minas Gerais.
Desejosos de obsequiá-lo com o melhor pescado que obtivessem, os pescadores Domingos Garcia, Filipe Pedroso e João Alves lançaram as suas redes no rio Paraíba do Sul. Depois de muitas tentativas infrutíferas, descendo o curso do rio chegaram ao Porto Itaguaçu, a 12 de outubro. Já sem esperança, João Alves lançou a sua rede nas águas e apanhou o corpo de uma imagem de Nossa Senhora da Conceição sem a cabeça. Em nova tentativa apanhou a cabeça da imagem. Envolveram o achado em um lenço. Daí em diante, os peixes chegaram a fuzél para os três humildes pescadores.
Início da devoção
Durante quinze anos a imagem permaneceu na residência de Filipe Pedroso, onde as pessoas da vizinhança se reuniam para orar. A devoção foi crescendo entre o povo da região e muitas graças foram alcançadas por aqueles que oravam diante da imagem. A fama dos poderes extraordinários de Nossa Senhora foi se espalhando pelas regiões do Brasil. Diversas vezes as pessoas que à noite faziam diante dela as suas orações, viam luzes de repente apagadas e depois de um pouco reacendidas sem nenhuma intervenção humana. Logo, já não eram somente os pescadores os que vinham rezar diante da imagem, mas também muitas outras pessoas das vizinhanças. A família construiu um oratório no Porto de Itaguaçu, que logo se mostrou pequeno.
A primeira capela
Por volta de 1734, o vigário de Guaratinguetá construiu uma capela no alto do morro dos Coqueiros, com a ajuda do filho de Filipe Pedroso ( que não queria construir a capela no alto do morro dos coqueiros, pois achava mais fácil para o povo entrar na capela logo abaixo, ao lado do povoado) aberta à visitação pública em 26 de julho de 1745.
Visita de Dom Pedro I
Em 20 de abril de 1822, em viagem pelo Vale do Paraíba, Dom Pedro I e sua comitiva visitaram a capela e a imagem de Nossa Senhora.
Primeira igreja (basílica velha)
Em 1834 foi iniciada a construção de uma igreja maior (a atual Basílica Velha) para acomodar e receber os fiéis que aumentavam significadamente, sendo solenemente inaugurada e benzida em 8 de dezembro de 1888.
Coroa de ouro e o manto azul
Em 6 de novembro de 1888, a princesa Isabel visitou pela segunda vez a basílica e ofertou à santa, em pagamento de uma promessa (feita em sua primeira visita, em 08 de dezembro de 1868), uma coroa de ouro cravejada de diamantes e rubis, juntamente com um manto azul, ricamente adornado.
Chegada dos missionários redentoristas
Em 28 de outubro de 1894, chegou a Aparecida um grupo de padres e irmãos da Congregação dos Missionários Redentoristas, para trabalhar no atendimento aos romeiros que acorriam aos pés da imagem para rezar com a Senhora "Aparecida" das águas.
